晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
演员：中村悠一 早见沙织 内山夕实 寺岛拓笃 佐藤聪美 田丸笃志 雨宫天 巽悠衣子 井上麻里奈 木村良平 诹访部顺一 花泽香菜 中原麻衣 户松遥 杉田智和 松冈祯丞 村瀬步 山下大辉 田边留依 西明日香 齐藤佑圭 大西沙织 齐藤壮马 滨田贤二 加藤将之 斋藤千和 井上喜久子 子安武人 丰口惠美 日笠阳子 远藤绫 丹下樱 东山奈央 中博史 清川元梦 大川透 新垣樽助 川原庆久 伊藤静 木内秀信 千叶进步 丹沢晃之 藤原贵弘 斧笃 田中完 冲佳苗 久野美咲 浅仓杏美 饭田友子 诹访彩花 柚木凉香 远藤大智 荻野晴朗
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